Le territoire de Saint-Timothée a déjà été recouvert par un épais glacier qui, en fondant, s'est transformé en une immense mer intérieure, la mer Champlain. Les Amérindiens sont ensuite arrivés. Jusque-là, c'est la préhistoire. L'histoire commence avec l'arrivée de nos ancêtres venus d'Europe pour s'établir en Amérique. Les Amérindiens étaient d'habiles navigateurs. Sur leurs canots d'écorce, ils étaient les maîtres du fleuve Saint-Laurent.
Avec le réchauffement du climat qui se poursuit, l'eau salée de la mer se retire graduellement. La terre affleure peu à peu et des plantes se mettent à pousser. Plusieurs milliers d'années plus tard, il ne reste qu'un long fleuve par lequel s'écoule l'eau douce des Grands Lacs. C'est la naissance du fleuve Saint-Laurent.
Il y a 7 000 ans, les premiers habitants de notre région arrivent peu à peu : les Amérindiens. Ils viennent de régions plus au sud et ils sont à la recherche de gibiers. Ces Amérindiens appartiennent au groupe des « Iroquoïens». Les Iroquoïens vivent de chasse, de pêche et de cueillette. Ils doivent se déplacer souvent pour trouver du gibier. Il y a un peu moins de 1 000 ans, les Iroquoïens deviennent de plus en plus nombreux et le gibier se fait plus rare. Un nouveau mode de vie apparaît : l'agriculture.
Grâce à l'agriculture, les Iroquoïens ont moins à se déplacer pour trouver de la nourriture. Ils commencent à vivre dans des villages généralement situés en retrait des lacs et des rivières. L'été, après les semences, ils établissent des camps de pêche temporaires le long du Fleuve.
Les Iroquoïens ont occupé les îles et peut-être même les berges de Saint-Timothée. Des fouilles sommaires dans certaines îles ont révélé la richesse archéologique. Si la préhistoire vous intéresse, nous vous suggérons fortement d'aller visiter le Parc archéologique de la Pointe-du-Buisson situé à Melocheville, la ville voisine à l'est de Saint-Timothée.
De sa source, les Grands Lacs, jusqu'à son embouchure, l'océan Atlantique, le célèbre et majestueux fleuve Saint-Laurent suit un parcours très varié. Entre le lac Saint-François (Salaberry-de-Valleyfield) et le lac Saint-Louis (Beauharnois), le fleuve était particulièrement accidenté. Sur une distance de 22 kilomètres, il avait une pente de plus de 25 mètres à franchir dans un étroit couloir. Lors de cette dangereuse descente, le Fleuve avait à contourner des îles, à sauter des récifs et autres pièges tendus par la nature. On rencontrait dans cette section du Fleuve trois principaux groupes de rapides: les rapides de Les Coteaux, des Cèdres et des Cascades. Saint-Timothée est situé sur la rive sud du fleuve, entre Salaberry-de-Valleyfield et Beauharnois, face aux rapides des Cèdres. De nos jours, il n'existe plus de rapides à Saint-Timothée. Le tronçon du fleuve Saint-Laurent qui passait à Saint-Timothée a été détourné dans un grand canal où peuvent passer de très gros cargos. À la sortie de ce canal, on a bâti une centrale hydroélectrique.